中国科学院水利部水土保持研究所成立于1956年，是中国科学院在西北地区建立的第一个科研机构。1987年由中国科学院和水利部双重管理，1995年经国家批准确定现所名。1998年被中国科学院列入国家知识创新工程首批试点单位。1999年根据国务院文件，与杨凌其它6个科教单位合并组建“西北农林科技大学”。2001年中国科学院与教育部联合共建“水土保持与生态环境研究中心”，作为知识创新工程试点单位继续纳入中国科学院研究机构序列。
近期定位为：面向全国，以黄土高原为重点，以国家水土保持与生态安全为核心，重点致力于土壤侵蚀过程与模拟、水土保持与生态修复、旱地农业与水土资源高效利用的研究，解决水土保持与生态建设中的重大科学技术问题。探索我国科教体制改革新型研究所发展的模式与机制,建成“产-学-研”有机结合的国际知名研究机构。
设有黄土高原土壤侵蚀与旱地农业国家重点实验室、国家节水灌溉杨凌工程技术研究中心、水利部水土保持生态工程技术研究中心、区域水土保持与环境研究室、信息技术部等5个研究和技术支撑单元。在黄土高原不同类型区，建有国家安塞水土保持综合试验站、国家长武黄土高原农业生态试验站、固原生态试验站(林草生态研究室)、神木侵蚀与环境教育部野外科学观测研究站和杨凌水土保持野外科学试验站等野外站。建有人工模拟降雨大厅和人工模拟干旱大厅等重要科研平台，形成了集基础研究、应用研究、试验与示范、技术转移、决策服务于一体的水土保持科研体系。同时设有党政办公室、科技办公室、人事和保障办公室、研究生部等管理服务单元。
截至2019年9月底全所在职职工197人、客座研究员20人，其中：中国科学院院士1人、中国工程院院士1人、国际欧亚科学院院士1人;正高职称67人、副高职称54人;博士生导师57人。拥有土壤学、生态学和水土保持与荒漠化防治3个博士及硕士学位授予点，环境工程1个专业硕士学位授权点，设有农业资源与环境、生态学两个博士后科研流动站。现有在学研究生482人。
水土保持研究所以“团结、敬业、求实、创新”为所风，凝练出以“朴实厚重，无私奉献”为内涵的“黄土精神”，形成了良好的创新文化氛围，为创新跨越、持续发展奠定了良好的基础.
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